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$ cdo '''sinfon''' stock-G40U-Intel11-2013Jun10-1day-c48.geosgcm_moist.20000415_0900z.nc4
  File format: netCDF4
    -1 : Institut Source  Ttype    Levels Num  Gridsize Num Dtype : Parameter name
    1 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : CLCN     
    2 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : CLLS     
    3 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : CNVMF0   
    4 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : CNVMFC   
    5 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : CNVMFD   
    6 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : EVAPC     
    7 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : FCLD     
    8 : unknown  unknown  instant      1  2    16380  1  F32  : PHIS     
    9 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QI       
    10 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QICN     
    11 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QILS     
    12 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QL       
    13 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QLCN     
    14 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QLLS     
    15 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : QR       
    16 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : REVAN     
    17 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : REVCN     
    18 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : REVLS     
    19 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RH1       
    20 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RICE     
    21 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RLIQ     
    22 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RSUAN     
    23 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RSUCN     
    24 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : RSULS     
    25 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : SUBLC     
    26 : unknown  unknown  instant      48  1    16380  1  F32  : THIM     
  Grid coordinates :
    1 : lonlat      > size      : dim = 16380  nlon = 180  nlat = 91
                        lon      : first = -180  last = 178  inc = 2  degrees_east  circular
                        lat      : first = -90  last = 90  inc = 2  degrees_north
  Vertical coordinates :
    1 : pressure            hPa : 1000 975 950 925 900 875 850 825 800 775 750 725
                                    700 650 600 550 500 450 400 350 300 250 200 150
                                    100 70 50 40 30 20 10 7 5 4 3 2 1 0.699999988 0.5
                                    0.400000006 0.300000012 0.200000003 0.100000001
                                    0.0700000003 0.0500000007 0.0399999991 0.0299999993
                                    0.0199999996
    2 : surface                  : 0
  Time coordinate :  1 step
    RefTime =  2000-04-15 09:00:00  Units = minutes  Calendar = STANDARD
  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss
  2000-04-15 09:00:00
cdo sinfon: Processed 26 variables over 1 timestep ( 0.02s )


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Revision as of 08:32, 10 June 2013

Climate Data Operators (CDO)

As stated by their creators, the Data Operators (CDO) are: 

CDO is a collection of command line Operators to manipulate and analyse Climate and NWP model Data.

Note that for

Possible example uses of CDO are:

Display info about a file

$ cdo sinfon stock-G40U-Intel11-2013Jun10-1day-c48.geosgcm_moist.20000415_0900z.nc4
  File format: netCDF4
   -1 : Institut Source   Ttype    Levels Num  Gridsize Num Dtype : Parameter name
    1 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : CLCN       
    2 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : CLLS       
    3 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : CNVMF0     
    4 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : CNVMFC     
    5 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : CNVMFD     
    6 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : EVAPC      
    7 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : FCLD       
    8 : unknown  unknown  instant       1   2     16380   1  F32  : PHIS       
    9 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QI         
   10 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QICN       
   11 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QILS       
   12 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QL         
   13 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QLCN       
   14 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QLLS       
   15 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : QR         
   16 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : REVAN      
   17 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : REVCN      
   18 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : REVLS      
   19 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RH1        
   20 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RICE       
   21 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RLIQ       
   22 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RSUAN      
   23 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RSUCN      
   24 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : RSULS      
   25 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : SUBLC      
   26 : unknown  unknown  instant      48   1     16380   1  F32  : THIM       
  Grid coordinates :
    1 : lonlat       > size      : dim = 16380  nlon = 180  nlat = 91
                       lon       : first = -180  last = 178  inc = 2  degrees_east  circular
                       lat       : first = -90  last = 90  inc = 2  degrees_north
  Vertical coordinates :
    1 : pressure             hPa : 1000 975 950 925 900 875 850 825 800 775 750 725 
                                   700 650 600 550 500 450 400 350 300 250 200 150 
                                   100 70 50 40 30 20 10 7 5 4 3 2 1 0.699999988 0.5 
                                   0.400000006 0.300000012 0.200000003 0.100000001 
                                   0.0700000003 0.0500000007 0.0399999991 0.0299999993 
                                   0.0199999996 
    2 : surface                  : 0 
  Time coordinate :  1 step
    RefTime =  2000-04-15 09:00:00  Units = minutes  Calendar = STANDARD
 YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss
 2000-04-15 09:00:00
cdo sinfon: Processed 26 variables over 1 timestep ( 0.02s )

Diff two files

Extract variable(s) from a file

Extract time(s) from a file

To extract a single (or multiple) year from a multi-step file, you can use selyear,year. For multiple years, you can either do cdo selyear,1999,2000,2001 or cdo selyear,1999/2001. 

$ cdo sinfon pchem.species.CMIP-5.1870-2097.z_91x72.nc4
  File format: netCDF4
    -1 : Institut Source   Ttype    Levels Num  Gridsize Num Dtype : Parameter name
     1 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : OX         
     2 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : N2O        
     3 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CFC11      
     4 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CFC12      
     5 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CH4        
     6 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : HCFC22     
     7 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : H2O        
   Grid coordinates :
    1 : lonlat       > size      : dim = 91  nx = 0  ny = 91
                       lat       : first = -1.57079637  last = 1.57079625  inc = 0.0349065065  radians
  Vertical coordinates :
    1 : generic            layer : 1.5 2.63499999 4.01500034 5.67999983 7.76499939 
                                   10.4499998 13.960001 18.5400009 24.4899979 32.1749992 
                                   42.0400009 54.6300011 70.5950012 90.7249985 115.995003 
                                   147.565002 186.790009 235.26001 294.829987 367.649994 
                                   456.169983 563.179993 691.830017 845.63501 1028.49011 
                                   1246.01501 1505.02502 1812.43494 2176.09985 2604.90991 
                                   3108.89014 3699.26978 4390.96533 5201.58984 6149.56494 
                                   7255.78467 8543.89941 10051.4355 11825 13911.501 
                                   16366.1504 19254.0977 22651.3496 26647.9004 31279.1504 
                                   35625 39375 43125 46875 50625 54375 58125 61875 
                                   65625 69375 73125.0156 76250 78750 81250.0156 83750.0156 
                                   85750.0156 87250.0078 88750 90249.9844 91749.9844 
                                   93250.0078 94750 96249.9766 97374.9766 98124.9922 
                                   98875 99625 
  Time coordinate :  2736 steps
    RefTime =  1870-01-15 12:00:00  Units = hours  Calendar = standard
 YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss  YYYY-MM-DD hh:mm:ss
 1870-01-15 12:00:00  1870-02-14 22:00:00  1870-03-17 08:00:00  1870-04-16 18:00:00
 1870-05-17 04:00:00  1870-06-16 14:00:00  1870-07-17 00:00:00  1870-08-16 10:00:00
 1870-09-15 20:00:00  1870-10-16 06:00:00  1870-11-15 16:00:00  1870-12-16 02:00:00
 1871-01-15 12:00:00  1871-02-14 22:00:00  1871-03-17 08:00:00  1871-04-16 18:00:00
...snip...
 2096-07-21 20:00:00  2096-08-21 06:00:00  2096-09-20 16:00:00  2096-10-21 02:00:00
 2096-11-20 12:00:00  2096-12-20 22:00:00  2097-01-20 08:00:00  2097-02-19 18:00:00
 2097-03-22 04:00:00  2097-04-21 14:00:00  2097-05-22 00:00:00  2097-06-21 10:00:00
 2097-07-21 20:00:00  2097-08-21 06:00:00  2097-09-20 16:00:00  2097-10-21 02:00:00
cdo sinfon: Processed 7 variables over 2736 timesteps ( 0.11s )

$ cdo selyear,1999,2000,2001 pchem.species.CMIP-5.1870-2097.z_91x72.nc4 ~/test.nc4
cdo selyear: Processed 1651104 values from 7 variables over 2736 timesteps ( 0.73s )

$ cdo sinfon ~/test.nc4
  File format: netCDF4
    -1 : Institut Source   Ttype    Levels Num  Gridsize Num Dtype : Parameter name
     1 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : OX         
     2 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : N2O        
     3 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CFC11      
     4 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CFC12      
     5 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : CH4        
     6 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : HCFC22     
     7 : unknown  http://geos5.org/wiki/index.php?title=GEOS-5_Configuration_for_AR5 instant      72   1        91   1  F32  : H2O        
   Grid coordinates :
    1 : lonlat       > size      : dim = 91  nx = 0  ny = 91
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